Границы Высокоярского сельского поселения и статус его как сельского поселения установлены Законом Томской области от 09.09.2004 г. №194-ОЗ «О наделении статусом муниципального района, сельского поселения и установлении границ муниципальных образований на территории Бакчарского района».
Высокоярское сельское поселение состоит из объединенных общей территорией следующих сельских населенных пунктов: с.Высокий Яр, с. Богатыревка, д. Крыловка, д. Панычево, д. Пчелка, д. Хуторское.
Административным центром Высокоярского сельского поселения является село Высокий Яр.
